藏羚羊

IUCN濒危级，CITES附录1，国家重点保护动物1级，中国特有物种，主要分布于羌塘。因羊绒珍贵在上世纪8、9十年代受到盗猎的严重威胁，数量由100头急剧下降至7万余头。国内外关注程度极高。特殊的适应高原的身体构造也有很高的科研价值。

野牦牛

IUCN易危级，CITES附录1，国家重点保护动物1级，主要分布于羌塘，数量稀少，栖息地海拔最高的有蹄类动物。由于是家牦牛的原始种，随着放牧区域的北迁，与家牦牛杂交现象明显增加，造成的基因污染威胁着野牦牛的种群。

藏野驴

IUCN易危级，CITES附录2，国家重点保护动物1级。中国特有物种，主要分布于羌塘。藏野驴因食量较大，啃食草叶较深，草场占有量高，随着牧业的发展，和家畜间争食草场的矛盾加剧，是当地保护部门开展保护工作的难点。

雪豹

IUCN濒危级，CITES附录1，国家重点保护动物1级。高原上的顶级食肉动物，全球最濒危的大型猫科动物之一，数量极为稀少。受到栖息地缩小和食物减少的威胁，而随着羌塘岩羊种群数量的逐渐恢复，羌塘的雪豹也有可能逐步恢复，成为全球雪豹保护的重点种群。由于会袭击牲畜群，和当地牧业形成矛盾。

棕熊

CITES附录1，国家重点保护动物2级，羌塘草原上体型最大的食肉动物。在羌塘棕熊经常袭击牲畜群、破坏房屋及财产，偶有危及人身安全事件，形成了羌塘最为严重的人兽冲突，是当地人和野生物冲突的代表性物种。亟待缓解办法减少当地牧户损失，亦避免过分依赖人类食物导致的种群退化。

黑颈鹤

IUCN易危级，CITES附录1，国家重点保护动物1级，唯一的高原鹤类。黑颈鹤是藏族人民心目中神圣的大鸟，数量稀少。黑颈鹤主要繁殖于南羌塘湿地，是羌塘湿地的代表物种，但受到当地牧业和其他因素的干扰，导致出雏率和幼雏成活率偏低。